ニコニコ動画が有料会員限定でH.264アップロード可能になってましたが、一方youtubeはオプションをつければ既存の動画の大半がH.264で見られるようです。多分iPhone/iPod touch向けに使用している、H.264モードなんだと思います。それをPCでも見られるようにするオプションと。このモードだと、ツール使えばキャッシュから変換なしでmp4コンテナそのまま拾えますね。
ニコニコ動画だと720pでアップロードされたりして、それをそのまま見られるのがメリット（40MB制限はそのままついてまわる）、youtubeは既存の動画がそのまま480x360で見られるのがメリットって感じでしょうか。QuickTimeで見てみたら552kbpsでした。まあこの解像度なら充分じゃないでしょうか。高画質とまでは行きませんが、標準的な画質だと思います（今までが低画質だっただけ）。
で、youtubeの高画質モードですが、既存の動画URLの最後に &fmt=18 をつけるだけです。たとえば、こんな感じになります。
標準モード：http://jp.youtube.com/watch?v=vqlMwF0hfCs
高画質モード：http://jp.youtube.com/watch?v=vqlMwF0hfCs&fmt=18
高画質モードでは、ファイルサイズも（ビットレートも）大きく膨れあがるため、重くて見られない場合があります。注意。また、もともとの画質が低い物は高画質モードでも綺麗になりません（これはあたりまえ）。
高画質なのはもちろん、標準的なMPEG4/H.264なので、特殊なプレイヤーを必要としないのが嬉しいところ。
