ATOKで「辞書として扱えません」というエラーが出て、変換できない

1. エラーが出ずに変換できないこともある
2. 1単語でも変換できないことがある
3. 特に長文を連文節変換としようとすると変換できないことがある

こういう症状が出る場合、辞書ユーティリティを開いてみて、ユーザ辞書を一覧表示してみる。それで失敗（ATOKが強制終了する）場合は、ほぼ間違いなく原因は「ユーザ辞書の破損」。
対処は「ユーザ辞書の初期化」。といっても、ATOK19U1.DICからATOK19U2.DICに変更するだけで良いです（ATOK2006の場合。ATOK2007だとATOK20U1.DIC、ATOK2005だとATOK18U1.DICなどに読み替えてください）。
登録した辞書は初期化されちゃうので、日頃からバックアップとっておきましょう。
（Win版の例ですが、Mac版でも対処法は同じです。ファイル名が違うだけ）
自分の場合は、ATOK19macから登録辞書をひっぱってきて一応事なきを得ました。